« La sortie du port de Roscoff, c’est terrible », déclare Céline Houbin, chercheuse en écologie marine à la Station biologique de Roscoff (Finistère), alors qu’elle s’agrippe au bastingage du bateau. Après trente minutes de navigation, le Neomysis stoppe les machines et son équipage déploie un engin qui s’apprête à descendre 18 mètres sous la surface de l’eau.
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Pas de hasard
Lancé en 2023 pour une durée de huit ans, le programme Atlasea, piloté par le CNRS et le CEA, vise à séquencer le génome de 4 500 espèces marines. Ce programme se divise en trois projets interdépendants : Dive-Sea, coordonné par le MNHN, qui a pour objectif de collecter, identifier et préparer les organismes en vue du séquençage (avec Seq-Sea). Le troisième volet, Byte-Sea, consiste à développer des interfaces numériques pour accéder aux données produites. Depuis 2024, les équipes de Dive-Sea ont fait escale à Dinard, à Marseille, en Guadeloupe, et à Roscoff, où elles ont passé deux semaines en avril.
À bord du Neomysis, l’attention est portée sur le câble reliant le bateau à la benne Smith, conçue pour capturer les sédiments. Une fois hissée à la surface, elle crache un contenu vaseux, immédiatement tamisé par les scientifiques « pour enlever tout ce qui est inférieur à 1 mm », précise Céline Houbin. D’autres techniques sont également déployées, comme des filets de dragage aux mailles variées.
Chaque matin, l’équipage cible des zones différentes, tandis que d’autres chercheurs complètent l’échantillonnage à pied ou en plongée. « On ne collecte pas au hasard, on a identifié les lieux qui abritent le plus de biodiversité », souligne Céline Houbin. L’objectif n’est pas de dresser un inventaire de la biodiversité ni de découvrir de nouvelles espèces, mais de constituer une encyclopédie génomique des espèces marines françaises.
Le bureau du sommeil
De retour sur la terre ferme, les centaines de mollusques, crustacés, cnidaires, algues et poissons sont triés puis identifiés par une équipe de taxonomistes à la Station biologique de Roscoff. Alors qu’il est à peine midi, les premières collectes arrivent. Au fil de la journée, l’effervescence monte. À 23 h, de nombreux scientifiques sont toujours sur place. Moins de 24 heures doivent s’écouler entre la collecte et la plongée d’un spécimen dans l’azote liquide, dernière étape avant le séquençage au Genoscope du CEA, à Evry-Courcouronnes (Essonne).
Les spécialistes s’affairent à identifier les individus, un processus pouvant prendre de quelques minutes à plusieurs heures. « C’est un isopode, c’est assez évident, mais je ne sais pas encore à quelle famille et quel genre il appartient, encore moins son espèce », murmure Benoit Gouillieux, chercheur à la Station marine d’Arcachon (Gironde), observant le minuscule organisme sous la loupe de son microscope.
Une fois l’espèce identifiée, les responsables du projet Seq-Sea examinent les bases de données pour vérifier l’existence d’un génome de référence pour cette espèce. « Si oui, on la relâche, si non, elle est préparée pour le séquençage », explique Jean-Marc Aury, bio-informaticien au CEA. Certains animaux sont anesthésiés puis euthanasiés avant d’être photographiés. Des tissus sont prélevés et plongés dans de l’azote liquide à -196 °C pour empêcher la dégradation de l’ADN.
Partager pour préserver
« Il y a un vrai déficit d’information sur la diversité génomique des organismes marins. Pendant longtemps, les efforts ont été ciblés sur quelques espèces, et certains milieux sont compliqués à échantillonner», souligne Erwan Corre, bio-informaticien à la Station biologique de Roscoff et responsable de Byte-Sea. Des avancées majeures en génomique permettent désormais de séquencer un génome de qualité à partir d’un échantillon bien conservé. « Avec ce programme, on se donne les moyens de collecter une bonne matière première», résume Bertrand Bed’Hom, responsable de Dive-Sea pour le MNHN.
Avec son objectif de séquencer le génome de 4 500 organismes marins en huit ans, Atlasea est considéré comme un programme « très ambitieux mais pas irréaliste». Avant la campagne de Roscoff, 2 300 espèces avaient été collectées et 230 génomes complets acquis. Les données produites seront mises à disposition sur un portail en libre accès. « Le meilleur moyen de préserver les données, c’est de les partager», justifie Erwan Corre, soulignant l’importance de cette connaissance pour la communauté scientifique et les générations futures.
Source : Station biologique de Roscoff.
