Course contre la montre pour les fonds marins
« La sortie du port de Roscoff, c’est terrible », lance Céline Houbin, chercheuse en écologie marine à la Station biologique de Roscoff (Finistère). Après trente minutes de navigation, le Neomysis stoppe les machines et son équipage déploie un engin qui s’apprête à descendre 18 mètres sous la surface de l’eau.
Lancé en 2023 pour une durée de huit ans, le programme Atlasea, piloté par le CNRS et le CEA, vise à séquencer le génome de 4 500 espèces marines. Ce projet se divise en trois volets : Dive-Sea, coordonné par le MNHN, qui a pour objectif de collecter et préparer les organismes pour le séquençage, Seq-Sea, et Byte-Sea, qui développe des interfaces numériques pour accéder aux données produites. Depuis 2024, les équipes de Dive-Sea ont fait escale à plusieurs endroits, dont Dinard, Marseille, la Guadeloupe et Roscoff, où elles ont passé deux semaines en avril.
À bord du Neomysis, l’équipage se concentre sur le câble reliant le bateau à la benne Smith, conçue pour capturer les sédiments. Une fois hissée, elle crache un contenu vaseux, immédiatement tamisé par les scientifiques pour enlever tout ce qui est inférieur à 1 mm. D’autres techniques, comme des filets de dragage, sont également utilisées.
Chaque matin, l’équipage cible des zones spécifiques, complétées par d’autres chercheurs à pied ou en plongée. L’objectif est de constituer une encyclopédie génomique des espèces marines françaises, et non de dresser un inventaire de la biodiversité.
De retour sur terre, les échantillons sont triés et identifiés par des taxonomistes à la Station biologique de Roscoff. Moins de 24 heures doivent s’écouler entre la collecte et la plongée d’un spécimen dans l’azote liquide, étape cruciale avant le séquençage au Genoscope du CEA, à Evry-Courcouronnes.
Les spécialistes identifient les organismes vivants, un processus qui peut prendre de quelques minutes à plusieurs heures. Une fois l’espèce identifiée, les responsables du projet Seq-Sea vérifient l’existence d’un génome de référence pour cette espèce. Si oui, l’organisme est relâché ; sinon, il est préparé pour le séquençage.
Erwan Corre, bio-informaticien à la Station biologique de Roscoff, souligne qu’il existe un déficit d’information sur la diversité génomique des organismes marins. Les progrès récents en génomique permettent désormais de séquencer un génome de qualité à partir d’échantillons bien conservés. Atlasea vise à séquencer le génome de 4 500 organismes marins en huit ans. Avant la campagne de Roscoff, 2 300 espèces avaient été collectées et 230 génomes complets acquis.
Les données produites seront accessibles sur un portail en libre accès, permettant à la communauté scientifique de mieux appréhender les trajectoires évolutives des espèces et d’améliorer le suivi d’espèces menacées ou invasives.
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